Résumé
Le tréhalose monomycolate (TMM) est un glycolipide majeur qui constitue la paroi atypique des mycobactéries. La protéine « Mycobacterial membran protein Large 3 » (MmpL3) transportant le TMM est essentielle à la croissance des bacilles. MmpL3 apparaît donc comme une cible thérapeutique prometteuse à exploiter pour contrer les infections à mycobactéries. Par des approches de biologie structurale et biochimiques, ce projet de thèse visait à comprendre les bases moléculaires du transport du TMM et le mode d'action des inhibiteurs ciblant cette voie. Dans cette finalité, un protocole de purification de MmpL3 a été établi. Nous avons obtenu des cristaux de MmpL3 permettant de résoudre la structure cristalline (S3D) de MmpL3 de Mycobacterium smegmatis. Par ailleurs, des études récentes ont démontré que MmpL3 agit en concert avec d’autres protéines pour le transport du TMM. Nous avons résolu la S3D d’un de ces partenaires, le facteur A de transport du TMM (TtfA) qui est essentiel à la survie des mycobactéries. TtfA possède un repliement unique et notre analyse bioinformatique suggère que la fonction de TtfA ne serait pas uniquement dédiée au transport du TMM. Les mycobactéries peuvent inactiver les antibiotiques de type aminoglycosides (AG) par acétylation. La protéine Eis2 (Enhanced Intracellular Survival) de M. abscessus (Mab) est importante pour la survie du bacille dans les macrophages. Nous avons pu montrer que Eis2, en plus de son rôle important dans la persistance intracellulaire, est capable de modifier les AG et en particulier l' amikacine (AMK), un antibiotique de base du traitement des infections à Mab. La S3D de Eis2, nous a permis d’ identifier plusieurs inhibiteurs de l’ enzyme. Nous avons également démontré que le site actif atypique de Eis1 de Mab, un homologue de Eis2, ne permet pas à l’ enzyme d’ inactiver les AG. Nos études génétiques permettent de conclure que Eis1 contrairement à Eis2 n’ est pas impliqué dans la résistance aux AG.