Résumé
Le déterminisme du sexe chez le tilapia du Nil dépend de facteurs génétiques de type XX/XY et peut être influencé par la température ainsi que par des facteurs parentaux mineurs. Des associations avec le sexe ont été identifiées précédemment sur plusieurs groupes de liaison (LG) et notamment LG1 et LG23 selon la souche étudiée. Les travaux précédents n'ont été réalisés que sur des souches domestiquées (de laboratoire ou commerciales) potentiellement fortement consanguines qui ont fait l'objet de nombreux transferts et de goulots d'étranglement génétiques. Ainsi, il est difficile de savoir si la complexité du déterminisme du sexe génétique est due aux processus de domestication ou si elle reflète la diversité rencontrée dans les populations naturelles. Afin d'étudier si les populations sauvages suivent un système XY hétérogamétique mâle tel que détecté dans les souches domestiquées, et de trouver quels LGs sont impliqués dans le sexe phénotypique, nous avons étudié trois populations sauvages : deux d'Afrique de l'Est (Ethiopie) et une d'Afrique de l'Ouest (Ghana). Différentes analyses génomiques ont été menées au moyen de séquençages de type ddRAD, de séquençages de génomes complets et de séquençage d'ARN en utilisant des technologies de lectures courtes et/ou longues. Nos résultats ont confirmé l’existence du système hétérogamétique mâle sur LG23-Y avec une région spécifique du sexe correspondant à une duplication en tandem qui comporte deux copies du gène de l'Hormone Anti-Müllerienne (amh) pour deux des populations sauvages. Nous avons pu définir précisément cette région spécifique du sexe et décrire le contenu et l'ordre des gènes ainsi que les limites de cette duplication. Nos études ont également suggéré que ce système est ancestral à la divergence des populations de l'Est et de l'Ouest. Cependant, nous présentons des preuves de la perte de ce système sexuel ancestral dans l’une des populations éthiopiennes, suggérant un polymorphisme du déterminisme du sexe non seulement dans les souches domestiquées mais aussi dans les populations sauvages de Tilapia du Nil. L'analyse du transcriptome de cette population éthiopienne a donné des indices quant à l’importance de l’expression de gsdf dans les stades précoces de la différenciation sexuelle. Aucune nouvelle paire de chromosomes sexuels n'a été mise en évidence pour cette population dépourvue de la duplication de l'amh sur LG23-Y, laissant en suspens la question de l'identité ou même de l'existence d'un nouveau déterminant génétique du sexe. Ce travail de thèse met en évidence la possibilité que différents systèmes de déterminisme du sexe ségrègent dans les populations sauvages de tilapia du Nil et, plus généralement, renforce l’idée qu’il est nécessaire de considérer la diversité des déterminismes sexuels au niveau intraspécifique, car celle-ci pourrait être aussi importante qu'à l'échelle interspécifique.