Résumé
L'hybridation anthropique, due aux activités humaines telles que l'introduction d'espèces, mélange des génomes divergents formant de nouvelles mosaïques génétiques, qui ne sont plus observables dans d’anciennes zones hybrides postglaciaires. Elle fournit donc des études de cas contemporains, continus et répétés pour comprendre les processus sélectifs à l'œuvre dans les génomes hybrides. Elle est cependant encore peu étudiée, en particulier en milieu marin. Dans ma thèse, j'ai étudié ce processus de trois façons. J’ai d’abord réalisé une synthèse bibliographique centrée sur les ports, des points chauds d'introduction et de contacts secondaires entre des espèces précédemment isolées. Nous avons décrit le syndrome de portuarisation biologique, défini comme une évolution rapide dans les ports sous l'effet des pressions sélectives des activités humaines. Toutes les forces évolutives sont à l'œuvre : la mutation, les variants pré-existants et structuraux jouant probablement un rôle majeur ; la dérive génétique, avec des effets de confinement des populations ; la migration, avec un réseau de connectivité émergent du trafic maritime ; et la sélection reposant souvent sur de l'introgression adaptative. Je me suis ensuite intéressée à deux systèmes phares pour étudier de concert invasions marines, syndrome de portuarisation et hybridation anthropique : les ascidies du genre Ciona et les moules du genre Mytilus. Dans le deuxième chapitre, j'ai étudié l'introgression de l'espèce indigène C. intestinalis par les gènes de l'espèce introduite C. robusta dans des ports européens. L'introgression adaptative est localisée dans une unique région génomique de l'un de leurs 14 chromosomes, formant un îlot d'introgression. Le polymorphisme hétérospécifique adaptatif se trouve au cœur de l'îlot, tandis que deux régions flanquantes en auto-stop avec le cœur adaptatif en forment les épaules. Grâce à un suivi temporel couvrant 20 générations et intégrant >1200 spécimens, nous avons constaté que les gènes robusta adaptatifs sont maintenus à des fréquences d'équilibre et forment une mosaïque spatiale stable. Cependant, les épaules s'érodent au fil du temps par recombinaison, flux de gènes et contre-sélection des allèles incompatibles. Nos résultats suggèrent l'action d’une sélection locale liée à l'hétérogénéité de l'habitat combinée à l’effet de dispersion par le trafic maritime. Dans le chapitre 3, j'ai étudié les moules des docks, un écotype portuaire de moules résultant du mélange génétique de l’espèce indigène M. edulis avec la lignée méditerranéenne M. galloprovincialis introduite. En examinant plus de 2000 moules avec une nouvelle approche de génotypage, nous avons trouvé des moules des docks dans 11 ports, du golfe de Gascogne à la mer du Nord. Les proportions d'ascendance varient néanmoins entre les ports, de 80% d'ascendance M. galloprovincialis dans la population la plus méridionale à 50% dans la population la plus septentrionale. Une puce SNP de 60K nous a permis de cartographier le paysage génomique de l'ascendance. Aucune fixation d’ascendance parentale n’a été trouvée mais deux pics d'ascendance M. edulis compatibles avec une introgression adaptative ont été identifiés. Des interactions complexes entre recombinaison, flux de gènes et sélection multigénique contre les haplotypes introgressés et favorisant l'hétérozygotie interspécifique semblent façonner le paysage d’ascendance en dehors des îlots d'introgression. Les deux études de cas mettent en lumière que l'introgression adaptative pourrait être une voie évolutive majeure lorsque des espèces ou des gènes non indigènes se répandent dans des habitats soumis à une forte pression sélective, tels que les ports. Les futurs travaux sur l'hybridation anthropique devront intégrer des composantes phénotypiques et environnementales, en plus du séquençage du génome, pour analyser les multiples forces évolutives qui façonnent les schémas d'introgression dans les génomes hybrides.