Résumé
Here are provided necessary datasets and codes to replicate the analyses done in the study entitled “A longitudinal survey in the wild reveals major shifts in fish host microbiota after parasite infection” Mathieu-Bégné Eglantine1*, Blanchet Simon2,3, Rey Olivier4, Toulza Eve4, Veyssière Charlotte2, Manzi Sophie2, Lefort Maxim3, Scelsi Orlane3 and Loot Géraldine2,5 1 Department of Environmental Sciences, Zoology, University of Basel, Vesalgasse 1, 4051, Basel, Switzerland 2 Université Paul Sabatier, Centre National pour la Recherche Scientifique, Ecole Nationale de Formation Agronomique; Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (UMR5174), 118 route de Narbonne, F-31062 Toulouse, France 3 Université Paul Sabatier, Centre National pour la Recherche Scientifique; Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (UAR2029), 2 route du CNRS, F-09200 Moulis, France 4 Laboratoire Interactions-Hôtes-Pathogènes-Environnements (UMR5244), Univ. Montpellier, CNRS, Ifremer, Univ. Perpignan Via Domitia, 58 Avenue Paul Alduy, F-66860, Perpignan, France 5 Institut Universitaire de France, Paris, France