Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate

Michael Abrouk; Hanin Ibrahim Ahmed; Philippe Cubry; Denisa Šimoníková; Stéphane Cauet; Yveline Pailles; Jan Bettgenhaeuser; Liubov Gapa; Nora Scarcelli; Marie Couderc; Leila Zekraoui; Nagarajan Kathiresan; Jana Čížková; Eva Hřibová; Jaroslav Doležel; Sandrine Arribat; Hélène Bergès; Jan Wieringa; Mathieu Gueye; Ndjido Kane; Christian Leclerc; Sandrine Causse; Sylvie Vancoppenolle; Claire Billot; Thomas Wicker; Yves Vigouroux; Adeline Barnaud; Simon Krattinger

doi:10.5061/dryad.2v6wwpzj0

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Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate

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Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate

Michael Abrouk, Hanin Ibrahim Ahmed, Philippe Cubry, Denisa Šimoníková, Stéphane Cauet, Yveline Pailles, Jan Bettgenhaeuser, Liubov Gapa, Nora Scarcelli, Marie Couderc, …

Dryad

12/08/2020

DOI: https://doi.org/10.5061/dryad.2v6wwpzj0

Résumé

Sustainable food production in the context of climate change necessitates diversification of agriculture and a more efficient utilization of plant genetic resources. Fonio millet (Digitaria exilis) is an orphan African cereal crop with a great potential for dryland agriculture. Here, we established high-quality genomic resources to facilitate fonio improvement through molecular breeding. These include a chromosome-scale reference assembly and deep re-sequencing of 183 cultivated and wild Digitaria accessions, enabling insights into genetic diversity, population structure, and domestication. Fonio diversity is shaped by climatic, geographic, and ethnolinguistic factors. Two genes associated with seed size and shattering showed signatures of selection. Most known domestication genes from other cereal models however have not experienced strong selection in fonio, providing direct targets to rapidly improve this crop for agriculture in hot and dry environments.

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Titre: Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate
Créateurs - sans rôle: Michael Abrouk - King Abdullah University of Science and Technology
Hanin Ibrahim Ahmed - King Abdullah University of Science and Technology
Philippe Cubry - Université de Montpellier
Denisa Šimoníková - Czech Academy of Sciences, Institute of Experimental Botany
Stéphane Cauet - Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement
Yveline Pailles - King Abdullah University of Science and Technology
Jan Bettgenhaeuser - King Abdullah University of Science and Technology
Liubov Gapa - King Abdullah University of Science and Technology
Nora Scarcelli - Institut de Recherche pour le Développement
Marie Couderc - Institut de Recherche pour le Développement
Leila Zekraoui - Institut de Recherche pour le Développement
Nagarajan Kathiresan - King Abdullah University of Science and Technology
Jana Čížková - Czech Academy of Sciences, Institute of Experimental Botany
Eva Hřibová - Czech Academy of Sciences, Institute of Experimental Botany
Jaroslav Doležel - Engineering Academy of the Czech Republic
Sandrine Arribat - Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement
Hélène Bergès - Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement
Jan Wieringa - Naturalis Biodiversity Center
Mathieu Gueye - UMR Botanique et Modélisation de l’Architecture des Plantes et des végétations
Ndjido Kane - Senegalese Agricultural Research Institute
Christian Leclerc - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Sandrine Causse - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Sylvie Vancoppenolle - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Claire Billot - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Thomas Wicker - University of Zurich
Yves Vigouroux - Institut de Recherche pour le Développement
Adeline Barnaud - Institut de Recherche pour le Développement
Simon Krattinger - King Abdullah University of Science and Technology
Éditeur: Dryad
Identifiants: 99135079009311
Unité académique: Institut Amélioration Génétique & Adaptation des Plantes méditerranéennes & tropicales-AGAP; Diversité, Adaptation et Développement des plantes - DIADE
Langue: English
Type de ressource: Dataset