Résumé
Les vignobles abritent une grande diversité de micro-organismes qui interagissent entre eux et avec la vigne. Certains sont des agents pathogènes des plantes, comme l’oomycète Plasmopara viticola, responsable du mildiou, tandis que d’autres peuvent avoir des effets bénéfiques sur la santé des vignes en les protégeant contre les pathogènes, en améliorant leur nutrition ou en renforçant leur résistance aux stress environnementaux. Ces interactions positives plante-microbe et microbe-microbe suscitent un intérêt croissant, car elles pourraient offrir une alternative aux fongicides en viticulture. Dans cette étude, nous avons cherché à identifier des micro-organismes naturellement présents dans les vignobles et plus abondants dans les parcelles présentant une faible incidence et fréquence de mildiou. Pour cela, nous avons étudié les communautés microbiennes des feuilles et du sol de sept paires de parcelles présentant une pression de mildiou contrastée, sélectionnées sur la base d’une enquête épidémiologique de long terme menée par l’IFV en région bordelaise. Nous avons utilisé des approches de séquençage pour analyser l’ensemble des communautés microbiennes des échantillons. À l’aide d’analyses d’abondance différentielle, nous avons identifié des bactéries et champignons significativement plus abondants dans les parcelles avec une faible pression de mildiou. Nous avons également montré que la composition des communautés microbiennes permettait de prédire la pression de mildiou (faible ou forte). Ces résultats suggèrent que certains micro-organismes naturellement présents dans les vignobles pourraient contribuer à limiter le développement du mildiou. Leur activité antagoniste est actuellement étudiée au laboratoire afin de développer des stratégies de biocontrôle microbien du mildiou.