Résumé
La maladie du chancre asiatique des agrumes causée par Xanthomonas citri pv. citri (Xcc-A) se retrouve dans la majorité de la zone de production agrumicole tropicale et subtropicale. Probablement originaire d'Asie, comme les agrumes, Xcc-A touche la plupart des espèces d'agrumes et d'autres genres au sein de la famille des Rutacées. La caractérisation moléculaire et pathologique de différents isolats de Xcc-A a permis de distinguer plusieurs variants génétiquement distincts. A coté du type Xcc-A majoritaire largement répandu et attaquant une large gamme d'hôtes, des groupes de souches avec une gamme d'hôtes réduite essentiellement au limettier mexicain ont été décrites au Moyen Orient et en Inde , appelée Xcc-A*, et en Floride, Xcc-Aw. Notre étude a pour objectif de décrire la variabilité génétique et de préciser la position taxonomique d'une large collection de souches de Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) par les méthodes AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) et MLSA (Multilocus Sequence Analysis) ciblant 4 gènes de ménage (atpD, gyrB, dnaK et efp) et de caractériser le pouvoir pathogène des souches Xcc-A, -A* et -A w sur une gamme d'hôtes d'agrumes discriminantes. Les souches Xcc-A ont été clairement séparées des souches Xcc-A* et Xcc-A' à l'aide des marqueurs AFLP. Les souches Xcc-Aw ont été groupées avec des souches Xcc-A* qui ont montré une large diversité distribuée en plusieurs groupes. Des souches Xcc-A* ont été mises en évidence aussi en Asie du sud-est. Les distances génétiques calculées à partir des EGD (evolutionary genome divergence) ou de l'analyse des séquences des gènes de ménage (MLSA) ont clairement confirmé l'appartenance des souches de type A et de type Aw/A* au groupe 9.5 de l'espèce axonopodis définie par Rademaker et al (synonyme de X. citrí). Les tests de pouvoir pathogènes sur feuilles en survie ont confirmé les profils pathologiques. Les souches A répondent par une réaction compatible sur toutes les espèces des agrumes inoculés, alors que les souches Xcc-A* et Xcc-Aw ont été pathogènes seulement sur limettier et plus faiblement sur C. macrophylla. Ces résultats ont permis de montrer clairement l'existence d'un groupe de souches A*/AW ayant une spécificité réduite au sein de Xcc avec une distribution géographique plus étendue que celle précédemment décrite et une diversité génétique plus large que Xcc-A. (Texte intégral)