Résumé
Les récentes épidémies, dont la plupart ont émergé au sein des forêts tropicales, mettent en lumière notre ignorance profonde du virome de ces écosystèmes. En effet, seule une infime quantité de virus d'eucaryotes serait aujourd'hui identifiée, ce qui entrave considérablement le contrôle précoce de tout événement épidémique nouveau. Une telle méconnaissance résulte principalement de l'extrême difficulté à obtenir du matériel biologique, surtout dans les écosystèmes tropicaux, extrêmement denses, où les animaux sont difficilement accessibles. Afin de pallier cette carence, nous proposons d'utiliser les fourmis légionnaires du genre Dorylus comme stratégie indirecte d'échantillonnage de la faune sauvage. Ces fourmis très voraces se déplacent en colonies de milliers d'ouvrières pour consommer, en grandes quantités, une large variété d'animaux vertébrés, d'arthropodes et de plantes. Dans le cadre d'une étude pilote, 209 fourmis légionnaires ont été collectées sur les pistes au Nord-Est du Gabon. Au moyen de techniques de métagénomique virale, nous avons détecté près de 443 645 séquences supérieures à 200 nucléotides, appartenant à 157 genres et 56 familles, et dont 46 377 (10,5 %) s'apparentaient à des séquences de virus de bactéries, de plantes, d'invertébrés et de vertébrés. Au total, 22 406 séquences (48,3 %) étaient associées à une séquence virale connue et conservée dans les banques de gènes. Les séquences virales restantes (51,7%) n'ont pu être assignées qu'au niveau du domaine viral (24%), de l'ordre viral (3%) ou de la famille virale (24,7%), révélant la présence de très nombreux virus encore inconnus. Ces travaux démontrent que les fourmis légionnaires peuvent accumuler une diversité extraordinaire de séquences génomiques des virus de leurs proies. Ces fourmis pourraient donc se révéler précieuses dans l'exploration du virome des écosystèmes tropicaux et dans la mise en place d'une stratégie novatrice et non invasive de surveillance des zoonoses virales dans un environnement où les émergences sont fréquentes.