Résumé
Objectif : La colonisation du tractus respiratoire des patients atteints de mucoviscidose (CF) est un processus évolutif et polymicrobien, influencé par l’âge, l’état clinique, l’exposition environnementale et les traitements antibiotiques. Plusieurs bactéries opportunistes CF – comme Mycobacterium avium, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia ou Burkholderia cepacia – ont déjà été décrites comme capables de survivre ou de se multiplier dans des amibes libres (FLA). Très présentes dans les réseaux d’eau, ces protozoaires se nourrissent de bactéries par phagocytose mais peuvent également héberger des bactéries capables de résister à la digestion et d’y persister. Bien que les caractéristiques cliniques des pathogènes CF soient bien connues, leurs réservoirs environnementaux et voies d’acquisition respiratoire restent peu étudiés. Si certaines de ces espèces ont déjà été observées individuellement dans des FLA, leur co-hébergement dans une même FLA n’a jamais été documentée.
Méthodes : L’ADN d’un isolat environnemental de FLA, incluant celui de ses bactéries associées, a été séquencé par métagénomique. Après assemblage, le génome des microorganismes a été reconstitué par une approche de binning pour caractériser leur taxonomie.
Résultats : L’assemblage métagénomique a permis d’obtenir un génome fragmenté de l’amibe hôte appartenant au phylum Heterolobosea, composée de 53 783 contigs (23 949 ≥ 1kb), avec un contenu GC de 41,8 % et un N50 de 3198pb. En parallèle du génome amibien, trois génomes bactériens distincts ont été reconstruits à plus de 92 %. Ils correspondent, de manière surprenante, à trois pathogènes opportunistes majeurs dans la mucoviscidose : P. aeruginosa ST 549, S. maltophilia et Achromobacter sp. Cette co-occurrence tripartite représente, à notre connaissance, la première preuve génomique d’une FLA hébergeant simultanément ces trois pathogènes majeurs de la mucoviscidose.
Conclusion : Nos résultats renforcent l’idée que les FLA peuvent servir de réservoirs environnementaux multi-pathogènes CF, favorisant potentiellement leur persistance et leur transmission. Ces observations soulignent la nécessité d'intégrer la surveillance environnementale et le séquençage génomique dans l’étude des dynamiques d’infection et des voies de transmission des pathogènes liés à la mucoviscidose.