Résumé
Ralstonia solanacearum, bactérie tellurique, est responsable de phytobactérioses majeures sur toute la ceinture tropicale et subtropicale, ainsi qu'en zone tempérée. Ce complexe d'espèces est constitué de 4 phylotypes, corrélés avec l'origine géographique des souches (I, asiatique ; II, Américain ; III, Africain ; IV, Indonésien). Chaque phylotype est lui-même subdivisé en séquevars, sur la base des différences de séquence sur une portion du gène de l'endoglucanase (egl); certains de ces séquevars sont corrélés à des caractéristiques écologiques (gamme d'hôte, virulence aux températures tempérées...). La structure génomique et la phylogénie de ce complexe d'espèces est maintenant très bien connue, suite aux travaux de CGH et de séquençage de génomes complets; il a été démontré que cette bactérie, naturellement compétente, est potentiellement apte à la recombinaison. En revanche, le degré réel de recombinaison existant dans les populations, le mode reproductif dominant de cette bactérie, les pressions de sélection structurant ces populations, sont encore largement inconnus. Pour explorer la dynamique évolutive de ce complexe d'espèces, nous avons développé un schéma MLSA-MLST sur une collection de 88 souches classées dans les 4 phylotypes, les 10 clades et les 51 séquévars décrits; en référence à une souche de chacune des espèces proches R. syzygii, R. pickettii, R. mannitolylica et R. insidiosa. Les analyses ont été menées sur les séquences partielles de 6 gènes de ménage (ppsA, rplB, gdhA, leuS, adk, gyrB), 1 gène impliqué dans la réparation de l'ADN (mutS) et 2 gènes associés à la virulence (Egl, fliC); ces gènes sont régulièrement distants et répartis sur les 2 réplicons. Les résultats de ces analyses sont discutés, notamment sur les niveaux comparés de diversité génétique, de taux de recombinaison, de sélection et de divergence entre les différents phylotypes. Le concept de clade est proposé comme nouvelle subdivision phylogénétique du schéma de classification. (Résumé d'auteur)