Résumé
La teneur et la composition en gluténines et gliadines, les deux principales protéines de réserve du grain (GSP) du blé tendre (Triticum aestivum L.), déterminent en grande partie la valeur technologique de la farine. Une étude d’association génétique préliminaire, basée sur une collection mondiale de cultivée dans trois environnements et seulement 1 040 marqueurs, a permis d’identifier, outre les gènes structuraux des GSP, plusieurs loci candidats impliqués dans la régulation trans, tels que des facteurs de transcription(Plessis et al., 2013). A partir des 26 traits liés à la composition des GSP phénotypés dans cette étude antérieur, nous avons réalisé une nouvelle GWAS multi-caractères en utilisant 187 974 SNPs issus de la puce de génotypage BreedWheat 420K, afin d’identifier de manière plus exhaustive les loci associés à la quantité des différentes classes/sous-unités de GSP.Au total, 3 783 SNPs significativement associés à la composition des GSP ont été détectés par GWAS ciblée sur un trait unique. Les régions QTL sont majoritairement localisées sur les chromosomes 1A, 1B, 1D, 6A, 6B et 6D, en concordance avec la position des gènes structuraux des GSP, ce qui suggère que ces SNPs représentent des marqueurs pertinents. La GWAS multi-caractères a permis d’identifier 253 SNPs à effets importants et associés à plusieurs traits. L’analyse des effets d’épistasie entre ces «core-SNPs» a permis de construire un réseau SNP–SNP–trait, révélant plusieurs SNPs « hubs » impliqués dans de nombreux traits. Environ 300 gènes sont localisés à proximité de ces SNPs, et l’analyse d’enrichissement basée sur l’ontologie des gènes a confirmé l’implication forte des gènes de structure des GSP, et montre l’importance de la transcription et de la dynamique de la chromatine. Ces résultats indiquent que les «core-SNPs» se trouvent à proximité non seulement des gènes structuraux des GSP, mais aussi de gènes régulateurs de l’expression génique contrôlée au niveau transcriptionnel et par la dynamique de la chromatine.