URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation

Joelle J. Amselem; Michael Alaux; Nathalie Choisne; Nicolas Lapalu; Baptiste Brault; Aminah A. Keliet; Erik Kimmel; Françoise Alfama; Sandie Arnoux; Marc Bras; Laetitia Brigitte; Olivier Inizan; Véronique Jamilloux; Jonathan Kreplak; Fabrice Legeai; Isabelle Luyten; Cyril Pommier; Sebastien Reboux; Stéphanie Sidibe-Bocs; Marc-Henri Lebrun; Delphine Steinbach; Hadi Quesneville

URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation

Acte de colloque

Open Access

URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation

Joelle J. Amselem, Michael Alaux, Nathalie Choisne, Nicolas Lapalu, Baptiste Brault, Aminah A. Keliet, Erik Kimmel, Françoise Alfama, Sandie Arnoux, Marc Bras, …

12. Edition du colloque JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (Paris, France, 28/06/2011–01/07/2011)

2011

Résumé

genome annotation

pipelines

databases

genes

transposable elements

plants

fungi

génome pathogène

interfaces

information système

bioinformaticien

informatique

biologiste

champignon

The URGI platform (http://urgi.versailles.inra.fr) develops a genome annotation system dedicated to plants and their pathogens. This Integrated System relies on: (i) pipelines for Transposable Elements annotation (REPET) and gene structural and functional predictions (ii) databases and user-friendly interfaces to browse and query the data (URGI Information System GnpIS, Genome Report System GRS), (iii) A distributed annotation system for curation of gene structure.

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Détails

Titre: URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation
Créateurs - sans rôle: Joelle J. Amselem - Biologie et Gestion des Risques en Agriculture
Michael Alaux - Unité de Recherche Génomique Info
Nathalie Choisne - Unité de Recherche Génomique Info
Nicolas Lapalu - Biologie et Gestion des Risques en Agriculture
Baptiste Brault - Biologie et Gestion des Risques en Agriculture
Aminah A. Keliet - Unité de Recherche Génomique Info
Erik Kimmel - Unité de Recherche Génomique Info
Françoise Alfama - Unité de Recherche Génomique Info
Sandie Arnoux - Unité de Recherche Génomique Info
Marc Bras - Unité de Recherche Génomique Info
Laetitia Brigitte - Biologie et Gestion des Risques en Agriculture
Olivier Inizan - Unité de Recherche Génomique Info
Véronique Jamilloux - Unité de Recherche Génomique Info
Jonathan Kreplak - INH : Pathologie végétale : biodiversité, écologie, interactions bioagresseurs-plantes
Fabrice Legeai - Unité mixte de recherche biologie des organismes et des populations appliquée à la protection des plantes
Isabelle Luyten - Unité de Recherche Génomique Info
Cyril Pommier - Unité de Recherche Génomique Info
Sebastien Reboux - Unité de Recherche Génomique Info
Stéphanie Sidibe-Bocs - Développement et amélioration des plantes
Marc-Henri Lebrun - Biologie et Gestion des Risques en Agriculture
Delphine Steinbach - Unité de Recherche Génomique Info
Hadi Quesneville - Unité de Recherche Génomique Info
Colloque: 12. Edition du colloque JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (Paris, France, 28/06/2011–01/07/2011)
Identifiants: 9945552709311
Unité académique: Institut Amélioration Génétique & Adaptation des Plantes méditerranéennes & tropicales - AGAP
Langue: English
Type de ressource: Conference proceeding
Champs locaux: hal-01019754