Résumé
Une approche basée sur la cartographie du génome a été développée dans le cadre d'un projet CAOBISCO pour connaître les bases génétiques de la résistance du cacaoyer au Phytophthora. Plusieurs descendances situées à Trinidad, au Cameroun, en Côte d'Ivoire et à Montpellier ont été analysées pour leur résistance à P. palmivora, P. megakarya ou P. capsici. Parmi elles, 5 descendances, plantées au Cameroun et en Côte d'Ivoire, et ayant produit pendant plusieurs années, ont permis d'analyser la résistance évaluée simultanément par le taux de pourriture au champ et par des tests d'inoculation artificielle sur cabosses ou sur feuilles. De nouvelles descendances ont aussi été mises en place à Trinidad et à Montpellier pour étudier, par tests sur feuilles, la résistance d'autres géniteurs importants. Le taux de pourriture au champ, évalué chez plusieurs descendances a permis d'analyser la resistance au champ de plusieurs géniteurs: ICS 84, UPA 134, SNK413, SNK10, IMC67 (pour Phytophthora megakarya) et UF676, UPA 402, T60/887, DR1, S52, IMC78 (pour Phytophthora palmivora). De 0 à 2 QTLs impliqués dans la résistance au champ ont été mis en évidence pour chaque géniteur. On peut observer des zones de QTLs communs entre plusieurs géniteurs, situées sur les chromosomes 1, 4 et 9 en particulier et des zones non communes. Les résultats des tests feuille faits sur arbres adultes montrent qu'ils sont fortement dépendants des effets de l'environnement. Ceci se traduit par une mauvaise répétabilité dans l'identification des QTL. Au sein d'une même descendance plantée en champ, les QTLs de résistance évaluée par test feuille ne coïncident généralement pas avec les QTLs de taux de pourriture au champ. Les tests feuilles réalisées sur jeunes descendances en serre ou pépinière donnent des résultats plus répétables et plus significatifs, ce qui sembleraient montrer une plus grande fiabilité du test feuille réalisé sur jeunes plants et dans des conditions plus homogènes. Des QTL de résistance communs vis à vis de plusieurs espèces de Phytophthora en même temps que des QTL spécifiques à chacune des espèces testées ont été mis en évidence. Ces résultats sont particulièrement importants pour mettre en place les stratégies d'amélioration de la résistance des cacaoyers vis a vis de plusieurs espèces de Phytophthora. Une approche "gènes candidats" a par ailleurs été développée en clonant chez le cacaoyer et en cartographiant des homologues de gènes de résistance connus afin de rechercher des marqueurs localisés dans les gènes de résistance directement impliqués. Plusieurs colocalisations ont par ailleurs été mises en évidence entre QTL de résistance et homologues de gènes de résistance et de défense clonés chez le cacaoyer. L'ensemble des résultats obtenus par l'analyse de ces dix descendances montre donc une grande diversité de gènes de résistance au Phytophthora au sein de l'espèce T. cacao et ouvre donc la possibilité d'améliorer la résistance des cacaoyers en cumulant des gènes de résistance différents avec l'aide des marqueurs moléculaires. (Résumé d'auteur)