Résumé
Le cycle naturel du virus Ebola (EBOV) reste encore aujourd’hui largement méconnu. Malgré la détection de séquences génomiques d’EBOV chez plusieurs chauves-souris frugivores au Gabon en 2001 et celle d’anticorps spécifiques chez des espèces frugivores et insectivores dans plusieurs pays d’Afrique, le réservoir du virus n’est pas définitivement identifié et les mécanismes conduisant à l’infection de l’humain ne sont pas élucidés. Dans le cadre d’une thèse soutenue par le projet EBO-SURSY, nous avons utilisé des nouvelles approches de polymerase chain reaction (PCR) et de sérologie pour explorer le cycle naturel de l’EBOV à l’interface faune/animaux domestiques/humain. Entre 2018 et 2019, 923 animaux (291 chauves-souris, 157 gibiers de brousse et 475 animaux domestiques dont 79 chiens, 247 caprins et 149 ovins) ont été prélevés, dans la province de l’Ogooué-Ivindo touchée par quatre épidémies de la maladie EBOV entre 1996 et 2001, au nord-est du Gabon. La recherche d’EBOV a été réalisée par PCR digitale (dPCR) et RT-qPCR (real-time quantitative PCR) à partir d’échantillons de rate et de foie de chauves-souris et de viande de brousse. La recherche d’immunoglobulines G (IgG) dirigées contre la glycoprotéine (GP) et la nucléoprotéine (NP) d’EBOV a été réalisée par la technologie Luminex™ à partir du sang prélevé chez les animaux domestiques.Les analyses par dPCR et RT-qPCR n’ont pas révélé de séquences génomiques d’EBOV. En revanche, des IgG anti-EBOV ont été détectées chez 53 des 374 animaux domestiques testés, soit une séroprévalence de 14,1 %, dont 12,7 % (7/55), 11,3 % (25/222) et 21,6 % (21/97), respectivement pour les chiens, les caprins et les ovins.Ces résultats montrent qu’EBOV circule de manière continue dans la faune sauvage du nord-est du Gabon et que le réservoir animal serait en contacts fréquents avec les animaux domestiques hébergés dans les villages. Notre étude met en évidence la nécessité de poursuivre les recherches dans toutes les fractions de la faune sauvage pendant plusieurs années afin de ne pas passer à côté d’éventuelles hausses de l’activité virale.