Résumé
Les vignes sont colonisées par une myriade de micro-organismes qui interagissent entre eux et avec leur hôte. L’ensemble de ces micro-organismes constitue le microbiote de la vigne et comprend des bactéries, des champignons et des oomycètes. Certains sont des phytopathogènes comme l'oomycète Plasmopara viticola, qui provoque le mildiou de la vigne. Lorsque ce pathogène arrive sur la feuille de vigne, il entre en contact avec le microbiome résident, qui peut agir comme une barrière à sa croissance. Notre objectif est d’identifier les membres de ce microbiote qui régulent naturellement le mildiou. Afin de cibler au mieux ces taxons microbiens bénéfiques, nous avons adopté une approche de caractérisation des communautés microbiennes par metabarcoding à l’échelle du tissu foliaire (sain versus infecté) et de la parcelle (résistante versus sensible). Grâce à des analyses d’abondances différentielles, nous avons identifié des candidats microbiens potentiels pour le biocontrôle du mildiou de la vigne. Cette approche est prometteuse pour mettre en évidence des consortiums microbiens d'intérêt, dont la dynamique et les interactions devront ensuite être étudiées expérimentalement pour développer le biocontrôle microbien du mildiou et faire évoluer la viticulture vers une viticulture sans pesticides.