Résumé
Les vignobles abritent une myriade de micro-organismes qui interagissent entre eux et avec les vignes. Certains micro-organismes sont des agents pathogènes pour les plantes, comme l'oomycète Plasmopara viticola, responsable du mildiou de la vigne. D'autres ont une influence positive sur la santé de la vigne, comme les stimulateurs de croissance et les antagonistes des pathogènes. La présente étude vise à identifier les taxons bactériens et fongiques naturellement présents dans le sol du vignoble et les feuilles de vigne et significativement plus abondants dans des parcelles peu sensibles aux mildiou, la sensibilité étant définie par l'intensité et la fréquence des symptômes du mildiou sur plusieurs années. Cinq paires de parcelles de vignes avec une sensibilité contrastée au mildiou ont été sélectionnées sur la base d'une enquête épidémiologique à long terme menée dans la région de Bordeaux par l’Institut Français de la Vigne et du Vin. Dans chaque parcelle, nous avons prélevé des échantillons de jeunes feuilles (au stade phénologique de 2-3 feuilles étalées) et de sol de surface (5 premiers cm) avant les premiers traitements fongicides. Nous avons utilisé des approches de metabarcoding pour explorer l'ensemble de la communauté microbienne (bactéries, champignons) des échantillons. Grâce à des analyses d’abondances différentielles, nous avons identifié des taxons significativement plus abondants dans les parcelles de vignes « peu sensibles » au mildiou. L’activité antagoniste de ces taxons sera étudiée expérimentalement pour développer le biocontrôle microbien du mildiou et faire évoluer la viticulture vers une viticulture sans pesticides.