Résumé
Le développement des variétés hybrides interspécifiques (VHI) résistantes aux maladies telles que oïdium et mildiou permet la diminution de l'utilisation d’intrants à la vigne. Dans cette optique, les VHI représentent une réponse à une demande sociétale de réduction de l’impact environnemental et sont de plus en plus utilisées en viticulture. En même temps, les vins issus de fermentations dites spontanées, c’est-à-dire basées sur la flore indigène, ont connu récemment un certain engouement. La source principale des micro-organismes responsables de la fermentation spontanée provient des baies de raisin, même s’il est reconnu que l’environnement du chai contribue à l’évolution des communautés microbiennes au cours de la fermentation. Le choix d’une fermentation spontanée visant à utiliser et préserver la biodiversité naturelle doit être conforté par l’apport d’une connaissance approfondie des communautés microbiennes et de leur impact sur le déroulement de la fermentation et la qualité finale des vins. Du fait de leur résistance au mildiou et à l’oïdium, l’équilibre des communautés microbiennes des VHI est modifié, laissant la place libre à d’autres champignons/levures non nécessairement fermentaires, et favorise potentiellement l’émergence de nouvelles espèces phytopathogènes ou participant à l’altération des vins. Il est donc important d’identifier les communautés microbiennes présentes à la surface des baies de raisin des VHI. S’il existe de nombreux articles qui décrivent la biodiversité des microorganismes du raisin et des moûts de cépages traditionnels, il n’y en a pas concernant les variétés résistantes. Dans ce contexte, ce projet s’intéresse à caractériser la diversité du microbiote des baies de raisins de VHI et des facteurs biotiques et abiotiques qui le modulent. Pour atteindre cet objectif, 24 variétés dont 12 VHI ont été collectées dans quatre domaines viticoles expérimentaux du Languedoc (France). La caractérisation du microbiote présent en surface des baies de raisin a été faite par métabarcoding. Les facteurs de variation potentielle pris en considération ont été la région viticole, l'environnement agro écologique, la variété et la composition en polysaccharides et polyphénols des pellicules de baie de raisin. Par ailleurs, l'impact du microbiote sur la qualité aromatique des vins issus de fermentations indigènes a été étudié. Pour cela, des micro fermentations ont été réalisées à partir des microbiotes des variétés carignan (cépage traditionnel) et artaban (VHI). La composition des microbiotes de chaque variété a été caractérisée par métabarcoding et utilisée pour ensemencer un moût flash pasteurisé, soit par transplantation directe du microbiote, soit par une étape de pied de cuve. Par la suite, des recherches ont été menées sur la faisabilité de reproduire les fermentations indigènes à partir d’un consortium artificiel de levures. A partir de la caractérisation du microbiote faite en amont, les proportions des différentes espèces de levure ont été estimées et des consortiums artificiels ont été créés à partir des souches naturelles isolées des raisins. Ces consortiums ont servi à ensemencer le même moût flash pasteurisé, pour effectuer des vinifications dans les mêmes conditions. La cinétique fermentaire, les propriétés physico-chimiques du moût au cours de la fermentation et la composition en arômes fermentaires des vins ont pu être comparées avec les données issues de la récupération du microbiote complet.