Résumé
L'Ascomycète Magnaporthe oryzae (Mo) cause la pyriculariose du riz et d'autres Poacées. En séquençant 9 génomes de Mo, nous avons trouvé dans 4 d'entre eux des régions génomiques bactériennes d'une espèce non encore décrite du genre Burkholderia (b-proteobactéries). Très ubiquiste, ce genre comprend des espèces commensales, pathogènes, et symbiotiques d'organismes divers dont des champignons. Des symbioses plus ou moins étroites existent entre Burkholderia et des champignons mycorhiziens ou pathogènes. La bactérie peut jouer un rôle clé dans la biologie du champignon : ainsi le champignon Rhizopus microsporus ne produit pas de rhizoxine (indispensable pour attaquer sa plante hôte) sans la bactérie B. rhizoxinica. Les séquences bactériennes détectées dans les génomes de Mo sont-elles des contaminants, ou s'agit-il d'une réelle association entre Mo et Burkholderia ? Nous présentons des éléments préliminaires qui favorisent la seconde hypothèse. Pour trois des quatre génomes fongiques contenant la bactérie, la taille cumulée des régions bactériennes est de 4 à 9 Mb, avec environ 5000 gènes. D'après nos premières analyses ces 3 " génomes " bactériens ne sont pas totalement identiques entr eux; il ne s'agirait donc pas d'une souche bactérienne unique. Une technique PCR adaptée aux matrices en très faibles proportions a permis d'amplifier un gène bactérien (recA, amorces spécifiques de nos génomes bactériens) dans les ADN de Mo séquencés au Génoscope, mais aussi dans des ADN d'autres souches de Mo de notre collection. Des colorations (DAPI, Acridine orange) de cultures fraiches des souches de Mo censées contenir la bactérie, ont mis en évidence dans certains cas, des corps pouvant correspondre à des bactéries. Des hybridations in situ ont été faites avec les sondes eub338 universelle eubactéries, BET42a spécifique b-protéobactéries, et SUBU spécifique Burkholderia. Un signal positif a été observé dans plusieurs échantillons hybridés avec les sondes eub338 et BET42a mais pas avec la sonde SUBU. La co-hybridation eub338/BET42a indiquant la présence de bactéries a été observée plusieurs fois (pas systématiquement). Mais les contrôles négatifs (sonde antisens eub338 et échantillons non hybridés) ont révélé des signaux aspécifiques de taille identique dans les longueurs d'onde utilisées. Ces résultats suggèrent que des bactéries sont naturellement associées à Mo, mais des analyses complémentaires sont nécessaires pour le confirmer et élucider le type d'association en jeu. (Résumé d'auteur)