Résumé
L'intensification mondiale des mouvements de personnes et de produits agricoles entraîne et continuera d'entraîner une augmentation du nombre de cas d'émergence et de ré-émergence de phytobactérioses. Ce constat va probablement nécessiter, pour les plus dommageables d'entre elles, la mise en place de systèmes internationaux d'épidémio-surveillance, comme cela est déjà le cas pour certaines bactéries pathogènes de l'homme et des animaux. Dans un tel contexte, se pose la question sur la façon pertinente d'obtenir des données concernant la fitness des clones bactériens. La mesure de la fitness d'un clone bactérien phytopathogène est très majoritairement basée sur des mesures de la progression de la maladie qu'il provoque (AUDPC, modélisation...) et/ou de son aptitude à la multiplication in planta, études qui sont menées en serre et/ou phytotron en absence de compétition entre haplotypes pathogènes. L'aptitude à la transmission. en conditions épidémiques n'est pas considéré, alors que ce paramètre a été démontré comme étant le plus pertinent chez les agents pathogènes des animaux. Dans ce travail, nous avons obtenu des isolats de Xanthomonas sp. pv. mangiferaeindicae, bactérie responsable de la maladie des taches noires du manguier, dérivés de la souche A5-1 (haplotype majoritaire à l'île de la Réunion), et spontanément résistantes à la rifamycine. La résistance à cet antibiotique est connue pour affecter de façon négative la fitness des bactéries pathogènes. La résistance à la rifamycine des souches étudiées est associée à une ou quelques mutations ponctuelles dans une région du gène rpoB connue chez de nombreux genres bactériens pour induire ce changement de phénotype. La fitness des souches résistantes a été caractérisée, en comparaison à la souche A5-1 d'origine, par les approches classiquement utilisée en phytobactériologie. Le pouvoir pathogène de la majorité des clones résistants (AUDPC) est affecté, à l'exception de deux d'entre eux. De façon similaire, l'analyse par modélisation de la multiplication in planta indique une fitness globalement légèrement supérieure de la souche A5-1 d'origine. La souche résistante à la rifamycine dont la fitness était la plus proche de la souche A5-1 d'origine (pas de différence significative de la cinétique de progression des symptômes après inoculation, pas de différence significative du taux de multiplication in planta) a été utilisée pour l'inoculation au champ. Deux parcelles expérimentales ont été établies et un arbre "foyer primaire" a été inoculé. Le développement de la maladie dans le temps et dans l'espace a été suivi et un test non destructif a été utilisé pour récolter les populations associées aux épidémies analysées. Ces populations ont été caractérisées pour leur sensibilité à la rifamycine et par RFLP en utilisant deux sondes mettant en évidence un fort polymorphisme dans le pv. mangiferaeindicae, y compris à une échelle microgéographique. Les travaux résultats ont montré que la souche inoculée est nettement affectée dans son aptitude à la transmission et que le clone inoculé n'a plus été isolé dans nos parcelles expérimentales moins d'un an après inoculation, au profit d'une population haplotypiquement complexe et comportant un faible nombre d'haplotypes fréquents. Des différences modérées de fitness, telle que mesurée en phytobactériologie, peuvent donc s'avérer nettement pénalisantes en conditions épidémiques, et entraîner des modifications majeures dans la structure des populations pathogènes. L'aptitude à la transmission est un paramètre important à considérer pour mesurer la fitness des Xanthomonas phytopathogènes. (Texte intégral)