Résumé
La faune marocaine compte plusieurs espèces de rongeurs considérées comme nuisibles pour l’agriculture, et ce en raison des dégâts qu’elles causent dans les cultures. Parmi ces pestes agricoles, on trouve Meriones shawii, découverte en 1823 dans la région d’Alger, et endémique de l’Afrique du Nord (Maroc, Algérie, Tunisie, Egypte et Libye). Essentiellement granivore, cette espèce est bien adaptée à différents types de milieux (sol argileux, sableux, semi-rocheux). Présente dans presque les deux tiers du Maroc, Meriones shawii est aussi reconnue comme étant un réservoir de l’agent causal de la leishmaniose cutanée, maladie transmissible à l’homme et qui touche plusieurs régions du Maroc (Tata, Ouarzazate, Errachidia et Figuig). Malgré son importance dans les domaines agricole et de santé publique, la systématique et la variabilité génétique au sein de cette espèce restent mal connues. Afin d’appréhender la situation des populations de Meriones shawii en Afrique du Nord, nous avons effectué des captures et séquencé un gène mitochondrial (cytochrome b) et un gène nucléaire (intron 7 du BFIBR) pour 178 individus provenant de 14 localités (Maroc, Algérie et Tunisie). De plus, 10 marqueurs microsatellites ont été définis et mis au point afin de génotyper 137 spécimens issus de 6 populations (Maroc et Algérie). Nos analyses phylogénétiques, mitochondriales et nucléaires, mettent en évidence deux grands clades : le premier regroupe les animaux d’Algérie et certains individus de l’Est du Maroc (Guenfouda), et le deuxième regroupe tous les autres individus marocains. Ces deux clades divergent par plus de 8 % de distance génétique (Cytb) et leur ancêtre commun est estimé à environ 900 ka. Ces deux groupes sont également retrouvés dans nos analyses microsatellites. Au niveau mitochondrial, le clade marocain peut lui-même être subdivisé en deux sous-clades sympatriques ayant divergé il y a moins de 300 ka. A l’échelle du Maroc nous n’avons pas identifié de structuration spatiale de la diversité génétique, que ce soit pour les données microsatellites ou de séquences. Au niveau démographique toutes nos données indiquent un fort goulot d’étranglement dans les populations marocaines au cours de l’Holocène (moins de 11,000 ans) ou à la fin de Pléistocène (28,000 ans [intervalle de confiance : 6,500-60,000] pour les données nucléaires ; versus moins de 10,000 ans, avec une augmentation du phénomène après 5,000 ans pour les données mitochondriales). Ces résultats semblent concordants avec les données fossiles qui montrent que M. shawii est bien représenté sur le site d’El Harhoura 2 durant les derniers 120 ka, avec une diminution de la représentation de cette espèce dans les assemblages holocènes. Nos résultats sont discutés en fonction du cadre paléoenvironnmental, et de leurs conséquences en terme de gestion des populations.