Résumé
Plusieurs études de diversité génétique ont récemment permis de suggérer l'existence de différentes souches au sein du Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV), agent causal de la feuille jaune de la canne à sucre. Dans le but d'identifier et de décrire plus précisément des souches du SCYLV, nous avons entrepris le séquençage du génome entier de huit isolats viraux originaires de différentes origines géographiques. Les six ORFs ont été clonés et séquencés entièrement pour cinq isolats (BRA-Y1 du Brésil, PER-Y1 du Pérou, REU-Y1, REU-Y2 et REU-Y3 de La Réunion) et partiellement pour trois autres (CHN-Y1 de Chine, COL-Y1 de Colombie et CUB-Y1 de Cuba). Quatre souches de SCYLV (BRA pour Brésil, CUB pour Cuba, PER pour Pérou et REU pour Réunion) ont été identifiées en se basant sur des analyses phylogénétiques réalisées avec les séquences représentant 70% du génome des huit isolats. Des amorces spécifiques permettant d'identifier rapidement par RT-PCR ces souches de SCYLV ont été dessinées. Elles permettent d'amplifier un fragment unique du génome de chaque souche mais ne permettent pas de différencier, à ce stade de notre étude, les souches BRA et PER qui sont assez proches. Ces amorces ont ensuite été utilisées pour caractériser les souches présentes dans deux aires de culture de la canne à sucre très éloignées, la Guadeloupe et La Réunion. Dix sept échantillons foliaires sur 32 originaires de La Réunion (variétés R490, R570 et R577 créées localement) étaient infectés uniquement par la souche REU et deux échantillons de la variété SP71-6163 importée du Brésil l'étaient uniquement par la souche BRA (ou PER). Une co-infection des souches REU et BRA (ou PER) a été mise en évidence dans 13 échantillons de la variété SP71-6163. Vingt échantillons sur 27 originaires de Guadeloupe étaient infectés uniquement par la souche REU (notamment les variétés R570 et SP71-6163) et quatre l'étaient uniquement par la souche BRA (ou PER). Deux échantillons (variété SP71-6163) étaient infectés uniquement par une troisième souche (CUB). Une co-infection de deux souches (CUB et REU) a été détectée dans un seul échantillon. Plusieurs souches de SCYLV peuvent donc coexister dans une même zone géographique voire dans une même plante. Si les souches virales BRA (ou PER) et REU existent toutes les deux à La Réunion, seule la souche REU a été détectée à ce jour dans les variétés créées localement. La souche BRA (ou PER), importée selon toute vraisemblance à partir du Brésil par l'intermédiaire de la variété SP71-6163 en 1987, ne s'est pas propagée sur l'île de La Réunion à ce jour, pour des raisons encore inconnues. Etant donné que la canne à sucre est le seul hôte naturel connu du SCYLV et que cette plante n'est pas native de la Guadeloupe, ni de La Réunion, le virus a très certainement été importé dans ces îles à partir d'une autre aire de culture contaminée. La présence de plusieurs souches du SCYLV suggère différentes introductions du virus et/ou une évolution du virus après son introduction dans un nouvel environnement. (Texte intégral)