Résumé
La capacité d'adaptation des virus est en grande partie liée à un taux de mutation très élevé et aussi, chez certains virus, à la recombinaison. Ces phénomènes sont pourtant très mal caractérisés chez les phytovirus et tout particulièrement chez les virus à ADN simple brin qui utilisent une ADN polymérase cellulaire pour leur réplication. Contrairement aux polymerases (RdRp) de virus à ARN, qui sont connues pour avoir un taux d'erreur très élevé, les ADN polymerases de l'hôte sont très fidèles durant le cycle cellulaire classique. Cependant, nos résultats précédents, obtenus sur des isolats de géminivirus du maïs, le Maize streak virus (Isnard et al. 1998) et des analyses de séquences effectuées par d'autres suggèrent que le taux de mutation des virus qui les utilisent est élevé. Cela reste un paradoxe qui doit être étayé de manière expérimentale. Nous avons mesuré la fréquence de mutation au sein d'une population virale issue d'une plante inoculée avec un clone de Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV, famille Geminiviridae, genre Begomovirus), soit une séquence unique. Après infection systémique, les ADNs viraux sont extraits et clonés directement sans étape d'amplification préalable. Onze clones ont été entièrement séquencés, 9 sont des génomes entiers (2,8kb) et 2 sont des génomes défectifs (environ 1,3kb). Une fréquence de mutations de 1.6 10-4 a été calculée sur la base de 25 000 nucléotides séquencés. Cette fréquence de mutation est proche de celles des virus à ARN. Elle est largement supérieure à la fréquence de mutation théoriquement engendrée par des ADN polymérases cellulaires, ce qui confirme expérimentalement le paradoxe cité ci-dessus et pose question sur les raisons d'une modification de fidélité de ces polymerases cellulaires dans un contexte d'infection par un géminivirus. Les molécules défectives ont une structure surprenante; elles sont constituées d'une mosaïque de fragments du génome du clone de TYLCV inoculé. Une des molécules défectives contient un fragment d'origine inconnu. Des erreurs de réplication impliquant des phénomènes de recombinaison multiples sont très certainement en cause, mais la genèse de ces molécules reste à ce jour difficile à expliquer. (Texte intégral)