Résumé
L'huître plate européenne Ostrea edulis a connu une période faste dans l'aquaculture jusqu'à la fin des années 1960, lorsque deux parasites, Marteilia refringens (1969) et Bonamia ostreae (1979), ont successivement décimé les bancs naturels de cette espèce endémique, déjà affaiblis par la sur-exploitation de ses gisements. Historiquement présente sur toute la côte européenne, de la Mer du Nord à la Mer Méditerranée, en passant par l'Océan Atlantique, la Mer Adriatique et la Mer Noire, les bancs naturels de cette espèce sont devenus très localisés, laissant penser à des phénomènes d'adaptation locale de l'huître vis à vis de son environnement biotique et abiotique. La diversité et la structuration génétique de plusieurs populations de l'espèce, à l'échelle de son aire de distribution géographique, a déjà été caractérisée au moyen de plusieurs types de marqueurs moléculaires (allozymes, marqueurs mitochondriaux, microsatellites). Une différenciation génétique par isolement par la distance, entre les populations naturelles de la façade Atlantique et celles de la zone méditerranéenne a été rapportée au dernier événement glaciaire, mais la potentielle adaptation locale de ces populations a été jusque-là ignorée. Dans ce contexte, nous avons choisi de combiner l'information apportée par des marqueurs moléculaires déjà disponibles (mitochondriaux et microsatellites) et de développer des marqueurs de type SNPs, par séquençage direct de plusieurs portions de gènes chez des individus provenant de différentes populations naturelles de l'espèce. Les gènes étudiés proviennent de librairies de gènes candidats identifiés comme potentiellement impliqués dans la résistance ou la sensibilité à la bonamiose (maladie due à B. ostreae). Le génotypage de ces marqueurs devrait permettre d'augmenter la couverture du génome et la probabilité de détecter des « outliers » afin de mettre en évidence une potentielle sélection des allèles identifiés sur les gènes ciblés ou sur les autres marqueurs. Pour cette étude, sept populations de O. edulis, isolées géographiquement, ont été choisies afin d'identifier de potentielles traces de sélection et d'adaptation locale.