Résumé
Au regard des changements globaux en cours, la sécurité alimentaire et nutritionnelle sont des préoccupations majeures. AGAP Institut s'appuie sur des grands projets de (re)séquençages de génomes pour comprendre les forces qui modèlent la diversité de plantes cultivées tropicales et méditerranéenne afin de mettre en oeuvre des programmes de sélection adaptés. A l'instar d'autres unités, il s'appuie sur la plateforme South Green multi-instituts de l'IFB qui offre un cadre à une science reproductible et des données FAIR. Ainsi, le projet Genome Harvest a mobilisé les biomathématiques, la bioinformatique, la génomique et la génétique afin de décrypter l'organisation et la dynamique des génomes de plantes cultivées majeures. Le projet Cultivar a de son côté permis de renforcer les liens entre recherche et enseignement autour de l'amélioration des plantes. La nouvelle maquette pédagogique de l'Université de Montpellier (LMD5, sept 2022) inclut l'UE Big Omics et Génomique Comparative du M2 du Master Biologie-Agrosciences de l'UM et l'Institut Agro de Montpellier. Dans ce module sont présentés des travaux de génomique évolutive de populations de trois espèces, bananier, canne à sucre et riz. Les deux premiers sont des modèles complexes (polyploïdes, interspécifiques, riches en anomalies cytogénétiques comme des translocations ou de l'aneuploïdie) alors que le riz a un génome réputé simple servant de modèle pour les monocotylédones. Nous éclairons la contribution de génomes de groupes génétiques fondateurs (parentaux, ancestraux) aux génomes modernes de cultivars. Nous proposons aux étudiants, sous la forme de mini-projets de recherche, de conduire des analyses plus pointues chez le riz en caractérisant des introgressions particulières à la recherche de gènes soumis à sélection et de variants à haute valeur adaptative potentielle. Il s'agit de petites régions génomiques échangées entre groupes variétaux (approche 1) ou de très courts segments à forte différentiation (approche 2). Certains exemples décryptés par les étudiants, seront illustrés. Ce front de science, dans l'environnement de Muse, participe à la construction d'un socle de connaissances sur l'identification de gènes candidats impliqués dans l'adaptation génétique des plantes, à l'interface entre génomique végétale, bioinformatique, production agricole et gestion de la biodiversité.