Résumé
Le chancre bactérien des agrumes causé par Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est largement répandu en Asie et son origine se situe probablement entre l'Inde et l'Asie du Sud-Est. L'impact économique qu'il cause a conduit à de nombreuses études d'épidémiologie spatio-temporelles considérant I'inoculum comme homogène. Cependant, l'existence de variants au sein de Xcc et leur distribution ainsi que les facteurs contribuant à l'évolution de la population sont importants à considérer dans la lutte contre ce pathogène de quarantaine. La faible connaissance de, la structure de la population et de' l'importance des échanges génétiques chez Xcc est due notamment à l'absence de marqueurs polymorphes et indépendants. Nous avons évalué le pouvoir discriminant de 14 marqueurs VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) sur une collection de 568 isolats de Xcc collectés dans 14 provinces du Vietnam en 2006. Les 14 loci VNTRs ont permis de typer tous les isolats et se sont révélés polymorphes avec 4 à 24 allèles en fonction des loci et une diversité allélique assez élevée. Les marqueurs VNTRs se sont montrés plus discriminants que les marqueurs IS-LM-PCR (Insertion Sequence - Ligation Mediated - PCR) donnant le double de profils différents pour la même collection. Un arbre phylogénétique tracé par la méthode de Neighbor-Joining en utilisant la distance de Manhattan a permis de séparer les individus originaires des provinces du nord de ceux du sud en plusieurs groupes. Les individus des différentes provinces sont éclatés dans différentes clades. La mesure de la différenciation génétique par l'analyse des Fst a mis en évidence l'existence de sous-populations dans les provinces du nord et du sud. Une faible différenciation génétique a été observée entre les provinces du sud alors qu'elle est plus importante entre les provinces du nord. Cela traduit un déséquilibre entre migrations (transport de matériel végétal infecté) et dérive génétique dans ces provinces. Les nombreux échanges de plants de pépinière entre provinces dans le sud du pays sont certainement responsables de cette faible différenciation. L'existence de déséquilibre de liaison significatifs entre tous les loci VNTRs indique une structure fortement clonale au sein de cette population vietnamienne de Xcc où les évènements de recombinaison sont rares. (Texte intégral)