Résumé
La connaissance de la structuration génétique des populations pathogènes est un prérequis primordial pour le développement de stratégies de lutte efficaces et durables, et nécessite de disposer d'outils de génotypage adéquats. L'analyse du polymorphisme des motifs minisatellites (ou VNTR) appliquée en multilocus (MLVA) est une méthode de choix en épidémiologie médicale, mais encore peu développée sur les bactéries phytopathogènes. Nous avons voulu montrer l'intérêt du développement de schémas MLVA chez Ralstonia solanacearum, dans le cas d'étude des populations de Côte d'Ivoire. Le flétrissement bactérien causé par Ralstonia solanacearum est une contrainte majeure en cultures maraichères dans toute l'Afrique de l'Ouest et particulièrement en Côte d'Ivoire, particulièrement sur tomate, aubergine et piment. Les populations sont majoritairement de phylotype I. Vingt-sept loci minisatellites, identifiés à partir de 6 génomes séquencés de Ralstonia solanacearum, ont été préalablement criblés sur une collection mondiale de 337 souches des 4 phylotypes. Ce criblage a permis de mettre en évidence le caractère phylotype-spécifique de plusieurs loci. La suite de l'étude a été focalisée sur la collection de 168 souches ivoiriennes. En tenant compte des 13 loci spécifiques des phylotype I et III, 57 haplotypes sont distingués, dont certains sont répandus dans différentes localités. Huit complexes clonaux et 4 singletons ont été identifiés ; les réseaux d'haplotypes que nous avons reconstruit semblent cibler plusieurs sources possibles de dissémination d'inoculum, notamment dans le Sud.. Six complexes clonaux s'établissent dans différentes zones agro-écologiques de Côte D'Ivoire. Les niveaux de diversité et de recombinaison, la structuration géographique des populations, les mesures d'isolement par la distance, seront discutés au regard de leurs contextes agro-climatiques, ainsi que des profils de virulence sur Solanacées identifiés par ailleurs. (Résumé d'auteur)