Résumé
Le chancre bactérien des agrumes causé par Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est largement répandu en Asie dont il est originaire. Sa présence au Vietnam date au moins du début du XXème siècle. L'absence de marqueurs génétiques polymorphes et indépendants a limité notre connaissance de la structure des populations de Xcc. L'objectif était d'analyser la structure des populations de Xcc à différentes échelles pour mieux comprendre l'épidémiologie de cette maladie. Le génotypage a été conduit en ciblant 14 loci VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) et 3 séquences insertionnelles par la méthode de Ligation-Mediated-PCR (IS-LM-PCR) sur une collection de 557 isolats de Xcc collectés dans 12 provinces du Vietnam en 2006. Le nombre d'haplotypes a été respectivement de 191 et 464 pour les marqueurs IS-LM-PCR et VNTRs. La recherche de discontinuités génétiques au sein de l'ensemble de la population associées ou non à la localisation géographique a été effectuée par des approches bayésiennes (GENELAND et STRUCTURE) pour les deux types de marqueurs. Les résultats congruents ont permis d'assigner les individus à deux populations différentes (Pl et P2). P1 est présente dans toutes les provinces alors que P2 est présente seulement dans trois provinces du nord avec un indice de diversité de Nei HT de 0,77 et 0,21, respectivement. L'analyse de complexes clonaux par une approche eBurst sur les données VNTRs a produit 35 complexes clonaux et 313 singletons à partir des 464 haplotypes. Neuf complexes clonaux seulement étaient distribués dans différentes provinces. Le plus gros contenait 108 souches de P2 originaires de trois provinces dont le fondateur primaire a été localisé dans un centre de propagation des agrumes. L'existence de déséquilibre de liaison significatifs entre tous les loci VNTRs indique une structure fortement clonale au sein de cette population vietnamienne de Xcc avec des évènements de recombinaison rares. Ces résultats suggèrent (1) que la population P2 est récemment introduite ou émergente au Vietnam et (2) le rôle important du matériel végétal dans la dissémination de la bactérie. Il reste à vérifier si la structure épidémique apparente de P2 peut être attribuée à une plus grande capacité adaptative ou épidémique de cette population ou si une rapide dispersion par l'homme en est majoritairement responsable. (Texte intégral)