Résumé
Le virus de la sharka (PPV) est responsable de l’une des viroses les plus dommageables des arbres fruitiers à noyau du genre Prunus, impactant le rendement et la qualité organoleptique des fruits. Transmis par pucerons selon le mode non persistant et par greffage, ce virus génère des épidémies rapides en verger. Il fait l’objet de mesures de gestion en pépinière dans l’Union Européenne et également en verger en France. Dix souches de PPV présentant des caractéristiques génétiques et épidémiologiques différentes ont été décrites au niveau mondial. Elles ont notamment des prévalences et une distribution géographique très inégales, ce qui justifie l’intérêt de réaliser une surveillance prenant en compte l’identité des souches responsables des épidémies. Nos études ciblent plus spécifiquement la souche PPV-M, largement répandue en Europe et considérée comme la plus épidémique. Une approche de phylogéographie discrète basée sur 90 séquences génomiques hétérochrones d’isolats viraux collectés sur une période de 17 ans a permis d’obtenir une première estimation du taux de substitution pour ce virus et de reconstruire les voies d’invasion de PPV-M à l’échelle d’une région de production française. Les résultats obtenus mettent en lumière le rôle des activités humaines dans les premières phases de l’épidémie via la diffusion de matériel contaminé. Dans un second temps, nous avons élargi notre échantillonnage aux vergers européens, ainsi qu’à des Prunus subspontanés dans le sud des Balkans. Ces derniers hébergent une forte diversité génétique virale avec notamment une souche impliquée dans l’émergence de la souche PPV-M par recombinaison homologue. Des études en cours visent à dater cet événement de recombinaison et à reconstruire la temporalité et les voies d’invasion des vergers européens par cette souche.