Résumé
La France est le premier pays producteur de peupliers en Europe et le deuxième pays du monde en termes de surfaces plantées (236 000 ha). Le principal agent pathogène en populiculture est le champignon phytopathogène Melampsora larici-populina, responsable de la rouille du peuplier. Dans l’intérêt de la production de bois de peuplier pour les filières énergétiques et industrielles, des variétés résistantes à cette maladie ont été sélectionnées et déployées au champ. Pendant des décennies, la sélection portait sur des variétés portant des résistances qualitatives. Celles-ci procurent à la plante une résistance totale aux isolats du champignon porteurs de l’allèle d’avirulence correspondant. Suite au déploiement à grande échelle de ces cultivars, l’évolution de la virulence du champignon a systématiquement conduit au contournement des résistances. Plusieurs événements de contournement de résistance chez M. larici-populina ont été observés dont les contournements des résistances qualitatives R2 (portée principalement par le cultivar 'Luisa-Avanzo') en 1986, R7 (portée par 'Beaupré') en 1994 et R8 (portée par 'Hoogvorst') en 1997. Nous nous intéressons en particulier au contournement de la résistance R7 ayant eu lieu en 1994 en Belgique et dans le nord de la France suite à des plantations massives du cultivar 'Beaupré' (R7). Des échantillonnages de M. larici-populina avant et après le contournement de la résistance R7 ont, entre autres, été effectués dans trois régions françaises. Des analyses de la structure des populations, de la séquence des génomes complets, ainsi que plusieurs caractères liés au pouvoir pathogène ont été réalisées sur quatre populations (une population échantillonnée avant contournement ; une échantillonnée au moment du contournement et quatre ans après ; enfin une population échantillonnée sur des peupliers sauvages ne portant pas de gène de résistance). L’impact du contournement de la résistance R7 sur ces populations a ainsi pu être décrit (Persoons et al. 2017). Une approche de scan génomique a permis d’identifier 20 régions du génome qui montrent des signatures potentielles de balayage sélectif. Par ailleurs, une étude d'association génétique pangénomique (genome-wide association study, GWAS) nous a permis d’identifier une région génomique fortement liée au phénotype virulent/avirulent 7, ce qui ouvre des perspectives pour l’identification du premier gène d’avirulence chez ce champignon.