Résumé
Les biofilms microbiens contribuent aux principales fonctions écologiques des écosystèmes aquatiques. Dans les cours d'eau de faible ordre hydrologique, les microorganismes sont principalement fixés à des supports (périphyton, épipsammon) et assurent l'essentiel des cycles élémentaires et des transferts d'énergie. En zones rurales, ces petits cours d'eau sont parfois soumis à des pressions polluantes : matière organique, nutriments, pesticides, liés aux pratiques agricoles et à l'occupation des sols. L'effet in situ de ces pressions polluantes sur les communautés périphytiques est difficilement dissociable de variations naturelles liées aux facteurs environnementaux (hydraulique, insolation). L'objectif de cette étude était d'évaluer in situ la réponse de biofilms soumis à un gradient amont-aval de contamination en pesticides, en prenant en compte leur variabilité spatiale (inter et intra sites). L'étude a été réalisée sur un petit cours d'eau (8km), dans un bassin viticole qui génère une pression polluante croissante d'amont en aval. Trois stations d'étude (sections de 100m de long) ont été choisies (amont non pollué, intermédiaire et aval). A chaque station, 6 à 8 supports artificiels en verre ont été positionnés sur le fond du cours d'eau et laissés pendant 2 mois pour permettre le développement d'un biofilm microbien. Les biofilms ont alors été échantillonnés, analysés à l'aide de descripteurs structuraux et fonctionnels au regard des données physico chimiques de chaque station (qualité chimique, vitesse de courant, ensoleillement). La richesse et la composition des communautés a été évaluée par PCR-DGGE sur les gènes de 16S rRNA (procaryotes) et de 18S rRNA (eucaryotes). Les trois principaux résultats obtenus sont : - Une augmentation de la richesse spécifique (déterminée à partir du nombre de bandes) entre la station amont et la station intermédiaire puis une forte diminution sur la station située aval. - Une structuration génétique dans les 3 sites d'étude lorsque l'on compare la composition des communautés. Cette structuration est relativement faible lorsque tous les biofilms sont considérés au sein de chaque station. En revanche, cette structuration est très importante lorsque seuls sont électionnés les biofilms issus de supports placés dans des conditions environnementales proches au niveau de la vitesse du courant et de l'éclairement. - Une tolérance accrue du périphyton au diuron (l'un des herbicides les plus communément utilisé dans ce bassin versant) selon un gradient amont-aval. L'ensemble de ces résultats révèle que les herbicides exercent une pression de sélection prépondérante sur les communautés microbiennes de cette rivière.