Résumé
Détecter et caractériser les coronavirus chez les Chiroptères de Camargue est une étape clé de l’évaluation du risque zoonotique. Un suivi longitudinal pendant la période de sortie de léthargie a été mis en place afin de récolter directement sur le terrain des échantillons fécaux pour lesquels nous avons recherché des coronavirus grâce à des techniques de biologies moléculaires comme des PCR nichées avec des amorces ciblant les virus de la sous-famille des Coronavirinae. Une correspondance entre le taux d’infection aux coronavirus et la sortie de léthargie a pu être observée, cette période de réveil métabolique s’accompagnant d’une réactivation de la réplication virale chez les chauves-souris. Le taux de coronavirus détecté est bien supérieur aux moyennes européennes décrites dans la littérature. De plus, certains alphacoronavirus de notre étude se révèlent proches d’un alphacoronavirus porcin, responsable d’une épidémie de diarrhée hémorragique chez le porc, ce qui nous alerte quant à la possibilité d’un saut d’espèce puis une potentielle émergence chez l’Homme. Un autre résultat intéressant est la découverte pour la première fois en Europe Occidentale d’une séquence proche du MERS-CoV responsable en 2012 d’une épidémie de syndrome de type SARS chez l’Homme dans le Moyen-Orient. Ces résultats, en partie inattendus, nécessitent d’être renforcés par un suivi à long terme, mais justifient pleinement de mener des études plus poussées sur les coronavirus environnementaux afin de prédire et anticiper de nouvelles émergences zoonotiques.