Résumé
La caractérisation des processus de dissémination constitue un enjeu majeur pour comprendre le fonctionnement d’une épidémie et le modéliser. Lorsque l’agent pathogène impliqué présente une variabilité importante, l’utilisation d’informations génétiques combinées à des informations épidémiologiques peut permettre de différentier les flux d’inoculum et de mieux caractériser les processus sous-jacents (Cottam et al., 2008). Nous développons une telle approche pour caractériser les événements de dissémination d’une virose des Prunus cultivés (la Sharka) dans une zone de vergers de 400 ha. A partir de 800 arbres malades géo-référencés, le polymorphisme génétique viral a été étudié par SSCP et équençage sur un fragment de 670 pb couvrant 2 régions variables du génome viral. Les haplotypes les plus fréquemment détectés ont été entièrement séquencés. La diversité génétique des populations virales ainsi que sa structuration spatiale permettent d’émettre des hypothèses sur les événements d’introduction de la maladie dans la zone étudiée et de faire une première estimation des distances de dissémination par les vecteurs (intra- et inter-vergers). La seconde étape vise à reconstruire les chaînes de transmission intra-verger en s’appuyant sur les séquences complètes de tous les cas de maladie détectés dans 2 vergers « modèles » et en combinant de façon formalisée informations génétique et spatiale.