Résumé
Dans cette étude, les réponses transcriptionnelles des céréales à l'infection est analysée. En effet, relativement peu de données existent quant à ces réponses et en notamment sur les similitudes et différences pouvant exister entre Monocotylédones et Dicotylédones. La diversité des réactions de défense au sein des Monoctylédones (riz, blé et maïs) et à l'intérieur du genre Oryza est aussi au centre de nombreuses questions concernant le niveau de diversité existant, l'origine de cette diversité (séquences codantes ou séquences régulatrices) et les possibilité de transfert d'information d'une espèce à l'autre. Le couple gène-pour-gène utilisé pour cette étude est constitué du gène de résistance de riz Pi33 et du gène d'avirulence de M. grisea ACE1. Plusieurs mesures d'expression à l'échelle du transcriptome ont été effectuées à l'aide de puces Agilent. Ces puces possèdent plus de 7000 gènes de riz et l'ensemble des 14000 gènes prédits de M. grisea. Les résultats concernant le riz seront présentés. Dans une a alyse pilote, 23 gènes validés (sur 38 testés) présentant une expression différentielle au cours de l'infection ont été étudiés. Leur profil d'expression a été étudié dans différentes situations: présence ou absence de Pi33 et/ou niveau de résistance partielle faible ou élevé. Les niveaux d'expression avant infection des gènes analysés semblent varier avec les niveaux de résistance partielle connus. Cette observation suggère qu'une composante de la résistance partielle du riz pourrait être de nature constitutive. Il semble qu'au sein du genre Oryza, plusieurs modes d'expression des réactions de défense existent lors de la résistance. Ces modes sont liés à l'espèce d'une part (O. sativa et O. nivarra) et aux sous-espèces (O. sativa de type indica et O. sativa de type japonica). Les modalités de régulation des gènes étudiés semblent donc considérablement varier selon les fonds génétiques dans lesquels ces mesures sont faites. Certains gènes ont fait l'objet d'analyse approfondie concernant un éventuel polymor hisme des séquences codantes et régulatrices. Cette analyse révèle que le polymorphisme de séquence est faible dans les régions codantes des gènes de défense étudiés et qu'il est élevé dans les régions promotrices. L'ensemble des outils d'analyse fonctionnelle chez le riz (Genome Browser notamment, développé au CIRAD par l'équipe d'Emmanuel Guiderdoni) sera présenté comme démonstration de la faisabilité d'approches génomiques de grande ampleur dans cette espèce. Notamment les pathosystèmes blé/M. grisea et maïs/M. grisea seront présentés