Résumé
Comprendre les processus écologiques structurant la biodiversité dans l'espace et le temps reste une question centrale en écologie. Au cours de la dernière décennie, la signature de ces processus a été le plus souvent recherchée en évaluant la déviation d'une mesure de diversité fonctionnelle par rapport à un modèle nul au moyen d'un algorithme de randomisation. Le principe repose sur la comparaison de la structure fonctionnelle d'une communauté 'locale' avec un ensemble de communautés générées aléatoirement à partir d'un 'pool régional' d'espèces. L'usage a été notamment de rechercher dans quelle mesure les espèces d'une communauté sont fonctionnellement plus ou moins similaires qu'attendu sous l'hypothèse d'un assemblage aléatoire, révélant l'influence de facteurs environnementaux. Cependant les processus façonnant l'assemblage des communautés agissent à des échelles variées et leur influence combinée sur la diversité fonctionnelle peut être délicate à interpréter. Une difficulté majeure est la définition d'un canevas d'analyse intégrant l'ensemble des choix méthodologiques tels que l'échelle d'échantillonnage, le pool d'espèces de référence, l'algorithme de randomisation ou la métrique fonctionnelle appliquée. La validité des conclusions est directement affectée par la pertinence de cet ensemble de choix. Nous proposons ici un cadre conceptuel permettant d'orienter ces choix méthodologiques en fonction des hypothèses sur les processus d'assemblage en jeu. L'application de ce cadre à l'analyse de 90 articles publiés entre 2000 et 2014 montre qu'aucun choix méthodologique seul ne permet d'expliquer la détection d'un ou plusieurs processus. Ainsi, une combinaison pertinente de choix méthodologiques prenant en compte la dimension spatio-temporelle des processus étudiés s'avère indispensable.