Résumé
Notre laboratoire a mis en place une collaboration avec le laboratoire de neuropathologie de l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière pour explorer une série post-mortem de cas d’encéphalites humaines d’étiologie inconnue par un séquençage NGS profond et non ciblé du transcriptome, à la recherche de séquences de pathogènes. Le virus Umbre, un virus du genre orthobunyavirus, a été identifié chez deux patients immunodéprimés décédés en 2013 et 2019. Le virus infecte des neurones du cortex cérébral, la moelle épinière et le foie. Le virus Umbre a été décrit initialement dans les années 1950 dans des populations de moustiques Culex en zone Asie Pacifique, mais n’avait auparavant ni été isolé chez des mammifères (dont l’homme), ni détecté en Europe. Cette infection par le virus Umbre chez deux patients français, dont l’un vivait dans la région Occitanie et n’avait jamais voyagé en dehors de France métropolitaine, et l’autre avait fait une croisière en méditerranée avant l’apparition des symptômes, nous a amené à rechercher l’origine de la contamination dans des moustiques. Une investigation réalisée en partenariat avec le CIRAD de Montpellier et l’EID Méditerranée a permis d’identifier des séquences du genre orthobunyavirus très proches du virus Umbre dans des moustiques Culex de Camargue. Une enquête sérologique par un test développé à l’Institut Pasteur sur une population du sud de la France composée d’environ 300 personnes « contrôles » et d’une vingtaine de cas « encéphalites » n’a pas mis en évidence de réponse anticorps contre le virus Umbre. Ce résultat suggère que la fréquence de l’infection dans la population générale est au plus faible, ce qui ne reflète donc pas le risque pour les personnes immunodéprimées. Cette découverte d’un nouvel arbovirus responsable d’encéphalite, et son existence en France, présente un intérêt particulier en matière de santé publique.