RedOak

Clément Agret; Alban Mancheron; Gautier Sarah

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Open Access

RedOak

Clément Agret, Alban Mancheron et Gautier Sarah

Résumé

genomic variations

comparative genomics

pangenomics

k-mers

indexation

RedOak stand for Reference-free[d] Optimized approach by k-mers, RedOak is an alignment-free and reference-free software which allows to index a large collection of similar genomes. RedOak can also be applied to reads from unassembled genomes.

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Indicateurs

1 Consultations de la notice

Détails

Titre: RedOak
Créateurs - sans rôle: Clément Agret - Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille
Alban Mancheron - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
Gautier Sarah - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Note de subvention: IBC/GenomeHarvest/coalab
Identifiants: 99179839609311
Unité académique: Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier - LIRMM
Langue: English
Type de ressource: Code
Champs locaux: lirmm-03925385
Infos techniques de la description: Version: v0.1.4; Development Status: Actif; Programming Language: C++; Operating System: GNU/Linux